失败标志:出现多个峰,或主峰前有小的“肩峰”,这通常意味着存在引物二聚体或非特异性扩增产物。
对照检查(排除干扰)
严谨的对照设置是判断结果可信度的基石。
阴性对照 (NTC):不含DNA模板的反应体系。
成功标志:无扩增。扩增曲线平直,Ct值显示为“Undetermined”或非常高(如 > 35),熔解曲线无峰。
失败标志:出现扩增曲线和Ct值,表明反应体系被污染(如引物二聚体、气溶胶污染等),此时所有样本的结果都不可信。
总结与后续建议
如果成功:恭喜您!降落PCR程序有效提高了反应的特异性。您可以直接使用这批产物进行后续实验(如测序、克隆等)。
如果失败:
无产物:首先检查模板质量和浓度,然后可以尝试适当降低最终退火温度或增加循环数。
有杂带:可以尝试提高起始退火温度,或减小每轮循环的温度降幅(如从1℃改为0.5℃),以增加高严谨性阶段的循环数。同时,确保使用了热启动酶。
引物二聚体:重新检查引物设计,特别是3'端的互补性。