单核细胞可以继续分化为部分组织中的巨噬细胞，例如肠道和真皮等。但最新的研究显示，大多数组织如大脑（microglial cell，小胶质细胞）、表皮（langerhans cell，朗格汉斯细胞）、肝脏（kuffer cell，枯氏细胞）和肺泡中的巨噬细胞并非依靠后期的单核细胞分化更新，而是由胚胎造血系统直接原位分化，在胚胎发育阶段就已经定植到组织中，并且在组织中自我更新和维持。

     单核细胞能吞噬异物并进行抗原递呈，可以被看作不成熟的巨噬细胞，因此有些研究者直接将单核细胞称为巨噬细胞，或者将单核细胞和巨噬细胞统一称为Monocytes/Macrophage类群。根据细胞表面的一组蛋白质，单核细胞可以分为三类：经典（Classical）、非经典（Non-classical）和中间型（Intermediate），它们在免疫系统中起着不同的作用。典型单核细胞占单核细胞的80%~90%，具有更高水平的吞噬和抗菌活性，并且表现出较高的过氧化物酶活性，在产生活性氧（ROS）方面更有效。它们还具有更高水平的趋化因子受体，能够迁移到损伤和炎症部位；非经典单核细胞的功能偏向于调节和监视，这些细胞吞噬作用、ROS和促炎因子的水平较低，主要在伤口或感染部位招募其他细胞，促进伤口愈合并应对病毒感染等，也有一些研究表明，非经典单核细胞同样直接参与免疫调节；中间型单核细胞，其功能处于中间状态，具有炎症特性，但同时具有较低的过氧化物酶活性。



一般来说，单核细胞的固有标志物是CD14，人可以用CD16来区分不同亚型：经典型单核细胞标记为CD14+CD16-；中间型单核细胞标记为CD14+CD16+；非经典型单核细胞标记为CD14+CD16++。小鼠可以用Ly6C来区分，经典单核标记为CD14+Ly6C++；中间型为CD14+Ly6C+；非经典为CD14+Ly6C low。同时，还可以利用炎症因子和趋化因子受体来进行区分，包括CCR5、CX3CR1、CD62L等。此外，由于巨噬细胞同样表达这些marker，如果要区分单核细胞和巨噬细胞，则需要添加巨噬细胞的标志物，例如人的CD80、小鼠的F4/80等。